Biopuces Bionanotechnologies

Sa mission

Equipe de recherche multidisciplinaire, certifiée ISO 9001:2008 depuis 2013, qui développe des outils de diagnostic, d’interaction entre biomolécules ou encore d’analyse de la biodiversité microbienne.

Mots clés

Transcriptomique, génomique, interaction, diagnostic, biopuces, séquençage

Responsable

– Chargée de recherche CNRS

Effectifs équipe en 2016 : 10

Enseignants et chercheurs : 1 / ingénieurs : 6 / assistants ingénieurs et techniciens : 0 / post-doctorants et doctorants : 3

Axes thématiques

• Axe 1 : Développement d’outils de diagnostic
• Axe 2 : Etude des interactions entre biomolécules
• Axe 3 : Adaptation génétique et biodiversité
• Axe 4 : Développement de nouvelles applications pour le NGS (ChIP-exo, single cell, CLIP seq …) et outils informatiques et statistiques associés

Activités principales

• Conception de nouvelles générations de biopuces pour le diagnostic (pathogènes alimentaires, algues toxiques, cancer du sein, allergies, glycosyl hydrolases intervenant dans la dégradation de la biomasse lignocellulosique).
• Etude de la biodiversité microbienne par séquençage et développement de méthodes
• Analyse des interactions entre biomolécules et caractérisation moléculaire du rôle du nucléoïde dans le mécanisme de ségrégation du plasmide F chez E. coli par des approches SPRi et NGS.

Modèles de recherche

Essentiellement micro-organismes divers (bactéries, micro-algues, levure…) mais aussi des eucaryotes supérieurs (homme, animaux, plantes,…) dans certains projets de collaboration

Domaines d’application et produits cibles

• Agroalimentaire : Biopuce « SECURIDIAL » pour la détection de pathogènes alimentaires,
• Santé : Biopuce « INNODIAG » pour l’identification d’une signature génique dans le cadre du cancer du sein,
• Alimentation : Biopuce « DIAGALA » pour le diagnostic des allergies alimentaires,
• Environnement : Biopuce « PHYTOCHIP » pour la détection de micro-algues toxiques,
• Energies renouvelables : Biopuce « CAZYCHIP » pour l’analyse de l’expression de glycosyl hydrolases (GH) impliquées dans la dégradation de la biomasse végétale.

Technologies, techniques, outils spécifiques

• Biopuces (puces à ADN ou à protéines) : Agilent, Affymetrix, puces à façon
• Séquençage NGS
• Microfluidique pour l’analyse de clones individuels
• Design de sondes
• Analyses bioinformatiques

L’équipe s’appuie aussi pour la réalisation de certains de ses projets sur l’équipement disponible sur la plateforme GeT-Biopuces qui lui est adossée (

).

Publications et brevets significatifs

• Pillet F.; Sanchez A.; Trevisiol E.; Severac M., Bouet J.Y.; Anton Leberre V. (2013) Dendrimer functionalization of gold surface improves the measurement of Protein-DNA interactions by Surface Plasmon Resonance imaging. Biosensors & Bioelectronics. (2013), vol 43 pp. 148-154
• Cyntia R. Flores-Juárez, Véronique Anton Leberre, Emmanuelle Trévisiol, Eva González-Jasso1, and Reynaldo C. Pless (2014) Hybridisation of N4-methylcytosine-containing amplicons on DNA microarrays. Journal of Biotechnology 189 (2014) 143–149
• Tatiana Kempowsky-Hamon, Carine Valle, Magali Lacroix-Triki, Lyamine Hedjazi, Sophie Lamarre, Lidwine Trouilh, Delphine Labourdette, Laurence Puydenus Roger, Loubna Mhamdi, Florence Dalenc, Thomas Filleron, Gilles Favre, Jean M François, Marie V Le Lann and Véronique Anton Leberre. (2015) Fuzzy logic selection as a new reliable tool to identify molecular grade signatures in breast cancer – the INNODIAG study. BMC Medical Genomics 2015, 8:3
• Charlotte Noyer; Anne Abot; Lidwine Trouilh; Veronique Anton Leberre; Catherine Dreanno (2015) Phytochip: Development of a DNA-microarray for rapid and accurate identification of Pseudo-nitzschia spp and other harmful algal species. Journal of Microbiological Method. available online: 10-MAR-2015 – 112:55-66.
• Chassaing, N., Davis, E. E., McKnight, K. L., Niederriter, A. R., Causse, A., David, V., Desmains, A., Lamarre, S., Vincent-Delorme C, Pasquier L, Coubes C, Lacombe D, Rossi M, Dufier JL, Dollfus H1, Kaplan J, Katsanis N, Etchevers HC, Faguer S, Calvas P Coubes, C. (2016). Targeted resequencing identifies PTCH1 as a major contributor to ocular developmental anomalies and extends the SOX2 regulatory network. Genome Research Apr;26(4):474-85

Projets précompétitifs

– Dispositifs mini-fluidiques innovants pour l’analyse pseudo-clonale en ligne du métabolisme et des relations génotype-phénotype au sein des micro-organismes