Le plateau bioinformatique
Ce plateau de TWB intervient dans le cadre de l’analyse de données de séquences
des projets de R&D de TWB.
L’offre de service du plateau de bioinformatique de TWB inclut l’assemblage de novo de microorganismes, le reséquençage et l’analyse de variants génomiques et l’analyse d’expression différentielle de génomes issus de RNAseq. TWB s’intéresse aussi à la métagénomique afin d’identifier certaines fonctions enzymatiques.Les données peuvent provenir de bases de données publiques, ou de séquençages issus de prestations.
TWB s’appuie sur les plateformes de séquençage locales et bénéficie d’un environnement privilégié en termes de technologies de séquençage NGS(« Next Generation Sequencing ») de seconde et troisième générations. En effet, le réseau de plateformes GeT (
Génome et Transcriptome) dispose :
- des séquenceurs de seconde génération :
- Illumina HiSeq 2500 et 3000, MiSeq : séquençage en « paired end » (séquençage des deux extrémités des fragments) avec des tailles allant jusqu’à 300pb
- Ion S5 : jusqu’à 40kb
- des séquenceurs de troisième génération : PacBio RSII et MinION, produisant de longues séquences.
Ces plateformes font évoluer leur matériel chaque année en acquérant les dernières technologies. Elles permettent d’avoir accès à un réseau et une expertise locale très élargie et d’accéder à l’ensemble des solutions techniques les plus avancées pour les projets de séquençage.
[bloc_note]Légende : le séquenceur Ion S5 génère des petites puces avec seulement 4 millions de séquences, permettant ainsi de séquencer de façon plus flexible des microorganismes isolés ou des fosmides de 40kb en multiplexage.[/bloc_note]
Concernant les analyses bioinformatiques,
le plateau utilise l’infrastructure locale de Bioinfo GenoToul pour la puissance de calculs et l’espace disque(
http://bioinfo.genotoul.fr/). Cette infrastructure fait également évoluer régulièrement ce matériel, offrant ainsi un environnement de travail confortable en bioinformatique.
TWB est aussi engagé dans la formation des utilisateursaux analyses de bioinformatique, en collaboration avec SIGENAE (Système d’Information des GENomes et des Animaux d’Elevage) et la plateforme Bioinfo GenoToul, avec l’outil logiciel Galaxy (
http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=10). L’instance Galaxy locale permet l’intégration d’outils personnalisés (
https://galaxyproject.org/) et une utilisation intuitive par les utilisateurs.
[bloc_enavant]TWB propose un package complet dès le début du projet pour la mise en relation avec les différents interlocuteurs (séquençage, analyse bioinformatique, biostatistique, formation…) et permet aux partenaires d’avoir rapidement l’information en réponse à leurs problématiques.[/bloc_enavant]
Exemples d’applications réalisées
- Séquençage de souches de champignons, assemblage et annotation des génomes
- Analyse de l’expression différentielle des gènes de 2 échantillons issus de 2 conditions de culture différentes chez une plante
- Analyse phylogénétique de familles de protéines (microorganisme, plante)
- Formation au logiciel Galaxy
Contact : Sabrina Legoueix-Rodriguez, resp. du plateau Bioinformatique TWB, (
sabrina.rodriguez@toulouse.inra.fr)
